分公司本身属于不独立核算，不独立承担责任的主体，分公司的财务数据由总公司来统一进行报送，所以总公司开具的发票，由分公司收款也是可以的，只是在实际操作过程中，建议给付款方一份说明，由总公司委托分公司代收款项即可。