个人所得税申诉，对企业是有影响的。当一个单位被个人申诉的情况下，税局会通知单位去解释被申诉的原因，如果解释不清，可能会被认为是有意控制工资薪金的申报，从而减少企业所得税的缴纳，有构成逃税嫌疑，可能导致查账或者补交税款的。